Etwa 15% der Kinder sprechen nur unzureichend auf eine Therapie an. Früher musste in solchen Fällen oft über Jahre Kortison eingesetzt werden. Da eine langfristige Kortisoneinnahme aber mit einer Vielzahl von Nebenwirkungen einhergehen kann, ist es oberstes Ziel dies zu vermeiden. Glücklicherweise wurden in den letzten Jahren eine Reihe neuer Medikamente gegen Morbus Crohn und Colitis ulcerosa entwickelt. Die meisten sind momentan für Kinder und Jugendliche noch nicht zugelassen. Gleichwohl wirken sie genau so gut wie bei Erwachsenen und können mit einer Ausnahmegenehmigung eingesetzt werden.
Beispiele hierfür sind Vedolizumab, Ustekinumab, Tofacitinib, Filgotinib, Sirolimus und andere. Möglich ist daneben eine Kombination verschiedener Medikamente. Diese muss aber von erfahrenen Kindergastroenterologen eingesetzt werden und bedarf bei jedem Kind eine individuelle Entscheidung.
Da chronische Darmentzündungen keine seltene Erkrankung sind forschen weltweit viele Pharmafirmen an weiteren Medikamenten. Einige stehen schon kurz vor ihrem Einsatz beim Patienten. Es gilt als sicher, dass die Entwicklungen der nächsten Jahre noch weitere Medikamente hervorbringen werden.